第三是興修水利。江南河湖眾多，是全國有名的魚米之鄉(xiāng)。轄區(qū)里的吳淞江，流經(jīng)蘇、松兩府，穿過吳縣、吳江、昆山、青浦、嘉定，因為長期得不到治理而淤塞。前任地方官多次疏通，都沒有什么實際效果。每當雨季，這里的江水就如脫韁野馬，淹沒周圍農(nóng)田、房屋，老百姓深受其害。由于水深不夠，大型船只無法正常通航，影響了交通運輸、經(jīng)濟發(fā)展。海瑞通過民間走訪與實地勘察，決定疏浚河道，正好此時受災(zāi)，有許多饑民，他們聚集在一起，連生存都是問題，很有可能鋌而走險。海瑞靈機一動，想出三百多年后羅斯福用過的“以工代賑”，既找來了勞動力，又解決了賑災(zāi)問題。隆慶四年（公元1570年）正月初三日至二月二十日，海瑞整修吳淞江八十余里；二月初九日至三月底，又帶領(lǐng)大家治理白茆河。此次工程消耗銀兩僅五六萬，都來自貪官污吏的贓款，或者愛心人士的捐款。老百姓沒有增加負擔，便解決了水患。
海瑞的改革觸動了權(quán)貴利益，他們?yōu)榱俗约旱奶貦?quán)、財產(chǎn)，紛紛上書彈劾海瑞，要求朝廷把他給罷免。刑科給事中舒化指責(zé)海瑞是個奇葩，建立的制度都“非人情”“創(chuàng)新奇之法”“出尋常之外”，建議讓他當個閑職就可以，不應(yīng)該掌握實權(quán)，否則“禍害百姓”。吏科給事中戴鳳翔受徐階指使，彈劾海瑞“庇奸民，魚肉縉紳”“勾結(jié)倭寇，攻陷城池”，這都哪跟哪啊，戴鳳翔口中的奸民，就是那些告發(fā)地主侵占土地的農(nóng)民，被魚肉的縉紳，是那些清丈土地后，利益受損的地主；而所謂的勾結(jié)倭寇，更是子虛烏有。海瑞向來剛正不阿，列舉大量事實，反駁戴鳳翔的胡說八道。
